在一个发展缓慢陷入衰退的近未来时代中，一种可以引导特殊天赋人群进入他人梦境的机器潜梦机被发明出来，和《盗梦空间》中只能潜移默化影响目标的机器不同，潜梦机在干涉梦境的同时可以根据干涉者采取的行动导致现实性的变化甚至将被干涉者置于死地。这项奇特而危险的发明在发明之初就充满了不幸和争夺，技术小范围扩散后更是让各方势力都盯上了它的潜在用途，为了维持自身的利益各个大国在联合国框架下成了梦境犯罪的应对组织——DDD（梦境防卫部）与梦境犯罪者和恐怖组织进行着惨烈而无休止的地下斗争。
主角的父辈作为这种机器的发明者之一兼争夺中的受害者，让主角在从降生开始就遭遇了诸多不幸，尽管主角努力地去反抗命运最后还是在一场防卫过当中锒铛入狱，直到某个巧合的机会中主角被一直暗中关注他的梦境防卫部所发掘，他的冒险生活也就由此展开。随着参与组织的活动和对梦境干涉的一步步了解，主角将揭开自身家庭过去的秘密，并在和叛逃出梦境防卫部的潜梦机开发者对决中了解这个世界的真相。